Medische microbiologie is een medisch specialisme dat zich bezighoudt met het opsporen, diagnosticeren, behandelen en preventie van infectieziekten.

De belangrijkste taak van het laboratorium voor medische microbiologie is het aantonen van ziekteverwekkers bij patiënten met infecties. Onder eindverantwoordelijkheid van de arts-microbioloog wordt in patiëntenmateriaal, zoals urine, bloed of ontlasting, onderzoek gedaan naar bacteriën, virussen, parasieten, gisten en schimmels.

Er worden verschillende technieken toegepast om deze micro-organismen op te sporen: microscopie, kweek, incl. gevoeligheidsbepaling, serologische methoden (antigeen- en antistoftesten) en moleculaire technieken. Op indicatie wordt aan de aanvragers van het onderzoek (medisch specialisten, huisartsen en verloskundigen) geadviseerd over diagnostiek en behandeling van infecties.

Tevens worden in het laboratorium materialen van patiënten met een hoog risico op dragerschap van resistente bacteriën (bijv. door opname in een buitenlands ziekenhuis) onderzocht op aanwezigheid van micro-organismen die infectiepreventiemaatregelen behoeven.